<strong>Supervisor científico</strong>: Sara González Bodí
Supervisor científico: Sara González Bodí
<strong>Responsable Servicio</strong>: David Carrasco Gata
Responsable Servicio: David Carrasco Gata
El análisis bioinformático de datos de secuenciación masiva resulta fundamental para la mayoría de proyectos genómicos. A pesar de que muchos de los métodos y protocolos necesarios se consideran estándar, su uso queda sujeto a la capacidad computacional disponible de cada grupo de investigación, así como a la disponibilidad de personal cualificado en el manejo de infraestructuras de computación de alto rendimiento.

En este contexto, la Unidad de Soporte Bioinformático (BSU) del Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas (CBGP UPM-INIA), como parte del Computational/Systems Biology Programme (CsBGP) del plan estratégico Centro de Excelencia Severo Ochoa del CBGP se crea para dar respuesta a la alta demanda de procesamiento y análisis de datos ómicos procedentes principalmente de las plataformas de secuenciación masiva (NGS).
 
Contacto: bsu.cbgp@upm.es

Sus principales objetivos son

  1. Ofrecer un servicio integral de procesamiento, análisis computacional e interpretación de datos genómicos.
  2. Supervisar y gestionar el uso del clúster de computación de alto rendimiento (HPC) y el sistema de almacenamiento de datos.
Cartera de servicios
Con el objetivo de ofrecer soporte bioinformático a los miembros del CBGP, a las empresas de la agrupación del proyecto KAIROS-UPM, a otras empresas de la Comunidad de Madrid y a usuarios externos, se incluyen los siguientes servicios: 

Servicios Básicos
  1. Creación de cuentas y configuración de trabajos en el clúster de HPC
  2. Asistencia general en análisis de NGS

Servicios de Análisis Bioinformático
  1. Control de calidad y mapeo de lecturas secuenciadas
  2. Detección de variantes genéticas y genotipado
  3. Análisis del transcriptoma
  4. Análisis de variantes estructurales (SVs)
  5. Análisis de variación del número de copias (CNVs)
  6. Ensamblado de novo y anotación
  7. Análisis Epigenéticos (ChIP-seq)
  8. Análisis de la metilación del ADN (Secuenciación con Bisulfito)
  9. Metagenómica (Perfiles funcionales y taxonómicos)
  10. Metabarcoding (Perfiles taxonómicos)
  11. Reconstrucción Filogenética
  12. Anotación funcional de secuencias genómicas
Formulario solicitud
Clúster computacional KAIROS
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