La creación del CBGP tiene su origen en la percepción de una doble necesidad: continuar realizando investigación básica a un nivel competitivo, y responder a las demandas de nuevos productos, procesos y servicios relacionados con biología de plantas, procedentes de los agentes económicos. Durante los últimos años, el conocimiento en biología de plantas ha aumentado a un ritmo sin precedentes. La causa principal ha sido el desarrollo de tecnologías novedosas que permiten el análisis global y eficiente de la estructura, información y expresión del genoma. Esas nuevas tecnologías se apoyan en los avances en la secuenciación del ADN y las proteínas, en el uso de microchips, en la automatización de muchos de los procedimientos de laboratorio y en la posibilidad de manejar grandes cantidades de información por medio de herramientas bioinformáticas. Así, en pocos años ha cambiado el escenario y se ha pasado de conocer la secuencia de un número relativamente pequeño de genes a conocer el genoma completo de bastantes especies de plantas, incluyendo plantas modelo como Arabidopsis thaliana o Brachipodium distachyon, y de cultivos importantes como arroz, maiz, soja, alfalfa, calabaza o chopo, así como de muchos microorganismos involucrados en simbiosis positivas (mutualísticas) o negativas (patogénicas) con plantas.

Los objetivos estratégicos del CBGP son:

1. La generación de conocimiento en genómica y biotecnología de las plantas y de los organismos que interaccionan con ellas.
2. El desarrollo de nuevas tecnologías e instrumentos de análisis funcional.
3. El desarrollo de nuevos productos y procesos de interés para los sectores productivos.
4. La transmisión de información y el desarrollo de programas educativos para científicos y técnicos.