La implementación de diseños genéticos y moleculares de forma automática, por plataformas robóticas, permitirá que la investigación transite de métodos de prueba y error a procesos más formales. Más muestras, más precisión al implementar construcciones, más rigurosidad al medir y más control sobre los protocolos crean un cambio de paradigma en la biología sintética y la bioingeniería. Sin embargo, las "biofoundries" son instalaciones caras, para las que hay muchas opciones disponibles. Aquí, ofrecemos información sobre técnicas y maquinaria, sus ventajas e inconvenientes, que será de utilidad a la hora de establecer una instalación de este tipo. Dependiendo de la aplicación objeto de la investigación, o los objetivos de ciencia básica que tenga el laboratorio, las opciones serán distintas. Los riesgos demandan que se tomen decisiones informadas, que es el fin de este artículo.