En 2002, la "Open Bioinformatics Foundation" inició el primer "bio-hackathon". Un "hackathon" es un evento donde los programadores se reúnen durante varios días para escribir conjuntamente software que resuelva un problema particular o una serie de problemas. El objetivo de los hackathons Open-Bio era mejorar la integración entre herramientas bioinformáticas escritas en diferentes lenguajes de programación (Perl, Java, Ruby, etc.) de manera que diferentes herramientas fueran de capaces de, por ejemplo, leer y escribir los mismos tipos de archivos y/o las mismas bases de datos. Comenzando en 2008, el "Database Center for Life Sciences" (DBCLS) en Tokio se convirtió en la sede de los eventos BioHackathons anuales, y continuó invitando a 20-30 bioinformáticos punteros de todo el mundo a estos eventos con todos los gastos pagados. En consonancia con la explosión de datos biológicos de este tiempo, la atención de los BioHackathons del DBCLS se desplazó al problema de la integración global de datos biológicos. Este artículo es un informe-resumen de los resultados obtenidos de los BioHackathons celebrados en 2011 (Kyoto) y 2012 (Toyama). En particular, se discute sobre el uso, cada vez más común, de las tecnologías Web Semánticas dentro de la comunidad bioinformática. Estas tecnologías tratan de hacer que los datos sean más legibles por las máquinas, de manera que nuestros ordenadores puedan llevar a cabo muchas más tareas de descubrimiento y análisis de datos, que históricamente se han realizado tediosamente mediante búsqueda manual y agregación. El manuscrito analiza las ontologías, las herramientas y las estrategias de integración desarrolladas por los "Bio-Hackers" en estos dos eventos.