Los árboles forestales son organismos muy longevos que están sujetos a constantes limitaciones debidas al medio ambiente. Por lo tanto, han desarrollado diversos mecanismos que les permiten hacer frente a las condiciones ambientales fluctuantes a lo largo de su vida y sobrevivir al cambio climático que se esta produciendo en la actualidad. La epigenética ha surgido recientemente como un poderoso conjunto de mecanismos que regulan diversos procesos del desarrollo y crecimiento de las plantas, así como respuestas a las variaciones ambientales. En esta revisión, resumimos los ultimos avances en el conocimiento de la epigenómica de árboles forestales. Primero se describen las particularidades de los árboles y los recursos y estrategias (epi) genómicos disponibles. Después, discutimos las posibles contribuciones de la epigenética para hacer frente a los problemas del cambio climático y regular diversos procesos de desarrollo, tales como en las transiciones durante el ciclo anual, plasticidad fenotípica en respuesta a variaciones ambientales y memoria del estrés, así como la adaptación local. Finalmente, proponemos algunos retos para el manejo forestal y se resalta la necesidad de tomar en cuenta la epigenética en las estrategias de mejora de árboles forestales.