Las peptidasas son enzimas clave en un gran número de procesos fisiológicos de la planta. En este artículo se han utilizado herramientas de genómica comparativa para aumentar el conocimiento sobre la presencia y la evolución tanto de las peptidasas como de sus inhibidores proteicos en el reino vegetal. Los resultados indican que: i) Muchas familias de inhibidores de peptidasas están presentes en clados específicos, estando algunas familias presentes en todas las plantas terrestres; ii) la variabilidad es una característica general en las familias de inhibidores de peptidasas, con un gran número de proliferaciones génicas específicas de especie (o de clado) dentro de muchas de estas familias; iii) las peptidasas están muy conservadas en los diferentes clados, estando las familias papaínas C1A y subtilisinas S8 presentes en todas las especies analizadas; iv) una correlación moderada entre el número de peptidasas y de sus inhibidores sugiere que los inhibidores de peptidasas proliferaron para controlar tanto a las peptidasas endógenas de la planta como a peptidasas exógenas. En conclusión, la genómica comparativa ha proporcionado importantes hallazgos sobre las familias de inhibidores de peptidasas en plantas y puede explicar las razones evolutivas que han conducido a la variabilidad actual en el repertorio de inhibidores de peptidasas en plantas.