¿Qué pasos de la preparación de muestras de metagenómica producen sesgos cuantitativos en los resultados?
Este trabajo, realizado en colaboración con Marcos Egea-Cortines de la Universidad Politécnica de Cartagena, examina cuantitativamente la constitución de una muestra metagenómica ya conocida, durante cada paso de la preparación y análisis de la muestra. Este proceso revela una cantidad sorprendente de sesgo en varias etapas, dando lugar a salidas significativamente erroneas con respecto al análisis cuantitativo de la abundancia de especies en la muestra. Nos sorprendió conocer que, en muchos casos, estos sesgos parecen estar relacionados con las características de la secuencia amplificada en sí misma, más que con los primers que se usan para la amplificación.
Publicación Original:
Pawluczyk, M; Weiss, J; Links, MG; Egaña Aranguren, M; Wilkinson, MD; Egea-Cortines, M. 2015. "Quantitative evaluation of bias in PCR amplification and next-generation sequencing derived from metabarcoding samples". Analytical and Bioanalytical Chemistry. DOI: 10.1007/s00216-014-8435-y".