En los últimos años, se ha determinado la secuencia genómica de numerosas especies de plantas, incluyendo las principales especies de interés agronómico. Por ello, se han desarrollado diferentes herramientas bioinformáticas para analizar dichas secuencias. En esta mini-revisión, se analizan las bases de datos para proyectos genómicos, las bases de datos creadas para alojar el genoma de una determinada especie/clado, y las bases de datos desarrolladas para realizar genómica comparativa. Por su importancia en la investigación actual, se realiza un análisis en profundidad de las bases de datos de genómica comparativa de plantas enfocado a las herramientas bioinformáticas disponibles en cada base de datos. Además, se comentan las nuevas herramientas bioinformáticas de alto rendimiento que se están desarrollando y se discuten las distintas aproximaciones que se deben implementar en los próximos años para analizar de forma eficiente los genomas de plantas.