Gran parte de los análisis bioinformáticos de datos biomédicos se efectuan mediante servicios web, entre ellos SADI (semantic automated discovery and integration). Por otra parte, Galaxy, una plataforma de fujos de trabajo automatizados muy popular, ofrece un entorno adecuado para ejecutar servicios SADI. En este trabajo presentamos un método, basado en el entorno de virtualización Docker, con el que dichos análisis son completamente reproducibles, a nivel computacional (Docker), funcional (Galaxy), y semántico (SADI).