Las cisteín peptidasas de la araña roja, Tetranychus urticae, están implicadas en distintos procesos fisiológicos, entre los que se encuentra la digestión. Las cistatinas y las tiropinas son inhibidores de cisteín peptidasas que modulan su actividad. En un análisis mediante genómica comparativa de cisteín proteasas y de sus inhibidores se han obtenido los siguientes resultados: i) existen proliferaciones específicas de clado para las C1A papaín peptidasas y para las cistatinas; ii) la expansión de C13 legumaín peptidasas detectada en T. urticae es única; y iii) del análisis transcriptómico in silico se deduce que la mayoría de las C1A papaín peptidasas y de las C13 legumaín peptidasas, así como algunas cistatinas, tienen una mayor expresión en los estados de desarrollo en que el ácaro se alimenta de la planta. En conclusión, la genómica comparativa nos ha proporcionado una importante contribución sobre el papel de las cisteín peptidasas y sus inhibidores en la araña roja. Las proliferaciones observadas de peptidasas C1A y C13 y de cistatinas en el ácaro, y su sobre-expresión en estados avanzados de desarrollo implican un papel potencial en la alimentación del ácaro y pueden ser claves en su capacidad de alimentarse de un amplio rango de especies.