JGI Plant Gene Atlas: un recurso actualizable para facilitar la caracterización funcional de genes en el reino vegetal
La descripción funcional de genes es la última y crucial barrera para evidenciar genes candidatos a determinar variación de rasgos deseables en las especies vegetales. La respuesta de la expresión génica a las señales ambientales representa un recursos importantes para descifrar su función. Aquí desarrollamos una herramienta que consta de ensayos transcriptómicos que abarcan 18 especies. Se analizaron perfiles de expresión, se agruparon genes en base a su expresión específica de tejido/condición, y se analizaron cambios transcripcionales bajo diferentes señales ambientales. Descubrimos extensos perfiles de expresión filogenéticamente restringidos y específicos de ciertas condiciones para genes sin ninguna anotación funcional previamente documentada. Estos patrones de expresión conservados junto con los grupos de genes fuertemente coexpresados, nos permiten asignar información biológica adicional a decenas de miles de genes con funciones que de otro modo serían desconocidas. Este recurso está disponible en JGI Plant Gene y Phytozome
Publicación Original:
Sreedasyam, A., Plott, C., Hossain, M.S., Lovell, J.T., Grimwood, J., Jenkins, J.W., Daum, C., Barry, K., Carlson, J., Shu, S., Phillips, J., Amirebrahimi, M., Zane, M., Wang, M., Goodstein, D., Haas, F.B., Hiss, M., Perroud, P.-F., Jawdy, S.S., Yang, Y., Hu, R., Johnson, J., Kropat, J., Gallaher, S.D., Lipzen, A., Shakirov, E.V., Weng, X., Torres-Jerez, I., Weers, B., Conde, D., Pappas, M.R., Liu, L., Muchlinski, A., Jiang, H., Shyu, C., Huang, P., Sebastian, J., Laiben, C., Medlin, A., Carey, S., Carrell, A.A., Chen, J.-G., Perales, M., Swaminathan, K., Allona, I., Grattapaglia, D., Cooper, E.A., Tholl, D., Vogel, J.P., Weston, D.J., Yang, X., Brutnell, T.P., Kellogg, E.A., Baxter, I., Udvardi, M., Tang, Y., Mockler, T.C., Juenger, T.E., Mullet, J., Rensing, S.A., Tuskan, G.A., Merchant, S.S., Stacey, G., Schmutz, J. 2023. JGI Plant Gene Atlas: an updateable transcriptome resource to improve functional gene descriptions across the plant kingdom. Nucleic Acids Research 51, 8383–8401. DOI: 10.1093/nar/gkad616