La dormancia invernal es la estrategia que permite a las plantas perennes sobrevivir a las severas condiciones invernales en las regiones templadas y frías. Asimismo determina su adaptabilidad ecológica, distribución geográfica y éxito reproductivo. Este proceso, sometido a un estricto control genético, también puede ser modulado por cambios epigenéticos mediante transiciones reversibles entre estados funcionales de la cromatina. En este trabajo se ha analizado si tienen lugar cambios epigenéticos globales entre el periodo invernal y el de crecimiento. Para ello, dos marcas epigenéticas de estados de la cromatina transcripcionalmente incompatibles (5-metil citosina) y compatibles (acetilación de la lisina 8 de la histona H4) se han detectado mediante inmunofluorescencia en secciones gruesas de ramas de dos años de chopo. La cuantificación de la señal de fluorescencia obtenida en un microscopio confocal en dos tejidos (floema y xilema) reveló patrones epigenéticos opuestos entre muestras de invierno y de verano. La señal de 5-metil citosina fue significativamente mayor en invierno, mientras que la de la acetilación de la lisina 8 de la histona H4 fue superior en verano. Frente a otras técnicas para determinar los niveles globales de DNA metilado, el método propuesto en este trabajo se puede aplicar a un amplio rango de muestras independientemente del rendimiento y pureza en la extracción de DNA genómico y permite el análisis en diferentes tejidos.