La reducción del impacto negativo de las enfermedades infecciosas en la sociedad y en la economía requiere entender las interacciones huésped-patógeno. Más concretamente, para entender la emergencia, la dinámica y la evolución de las enfermedades infecciosas debe conocerse como influye la heterogeneidad del medio en las relaciones huésped-patógeno. Sin embargo, este tema se ha estudiado aún poco, y menos todavía en el caso de los virus de plantas, que son los principales patógenos emergentes en plantas. En este trabajo hemos analizado el efecto de la heterogeneidad del medio al nivel del paisaje en la prevalencia, estructura genética y dinámica temporal de dos begomovirus (virus con genoma de ADN transmitidos por moscas blancas) en poblaciones del pimiento silvestre o chiltepín (Capsicum annuum var. glabriusculum) en México. La heterogeneidad del medio tenía lugar a distintos niveles espaciales (entre poblaciones pertenecientes a distintas provincias biogeográficas), y estaba modificada por distintos niveles de intervención humana en la población y hábitat del huésped. Los resultados muestran que la heterogeneidad del paisaje afecta a la epidemiología y a la estructura genética de las poblaciones de estos virus dependiendo de la escala espacial, probablemente en relación con las condiciones que favorecen el desarrollo de las poblaciones del insecto vector y su dispersión. La intervención humana tiene el efecto de borrar la estructura genética espacial de las poblaciones virales. Más aún, cuanto mayor es el nivel de intervención humana del hábitat mayor es la prevalencia de los virus, lo que apoya la idea clásica de que la antropización del medio favorece la emergencia de enfermedades. La heterogeneidad del medio modela de forma similar la estructura genética espacial de los virus y de su huésped, lo que da lugar a que sus filogenias sean congruentes. Sin embargo, la congruencia filogenética entre huésped y virus no parece deberse a coevolución sino a codivergencia espacial. Los resultados de este trabajo proporcionan una evidencia inusual sobre el papel clave de la heterogeneidad el paisaje como determinante de las interacciones planta-virus.