La gran mayoría de las plantas en los ecosistemas naturales están colonizadas por hongos endófitos, que habitan el interior de las plantas sin producir síntomas aparentes de enfermedad y son beneficiosos en muchos casos. Es por ello que los hongos endófitos están recibiendo cada vez más atención como recurso para mejorar la producción vegetal y el manejo de los ecosistemas. Sin embargo, el significado biológico y ecológico de estos simbiontes está poco estudiado, debido a la falta de sistemas modelo apropiados para la investigación. En este trabajo hemos analizado la micobiota endofítica cultivable asociada, en la naturaleza, con hojas y silicuas de la planta modelo Arabidopsis thaliana. Hemos estudiado el efecto de factores bióticos y abióticos en la frecuencia de hongos endófitos en las plantas y en la composición de la comunidad endofítica. Nuestros resultados indican que la frecuencia de plantas de Arabidopsis albergando endófitos depende de la época del año y del estado fenológico de la planta, y que la probabilidad de colonización por endófitos aumenta a medida que avanza el ciclo de la planta. La diversidad de los ensamblajes endofíticos en las poblaciones naturales de A. thaliana es alta, y precipitación y temperatura son los dos principales factores que determinan la diversidad y la composición de especies. Proponemos a A. thaliana y sus endófitos naturales como sistema modelo para abordar de forma integral los principios que gobiernan el estilo de vida endofítico, aprovechando las herramientas moleculares y la abundancia de conocimiento accesibles gracias a la planta huésped.