La emergencia de enfermedades virales depende a menudo de la transmisión entre plantas silvestres y cultivos. Sin embargo, la diversidad de simbiosis no antagónicas que influye en las dinámicas de transmisión entre las comunidades de plantas está por descubrir. En este trabajo usamos un enfoque metagenómico basado en ultrasecuenciación para comparar los virus que infectan a 41 especies de plantas silvestres que crecen en cultivos de melón o en las lindes adyacentes. Se encontró un viroma amplio, con 104 virus detectados. Las interacciones entre las 41 plantas huésped y los 104 virus están limitadas en gran parte a una u otra de las dos comunidades analizadas, indicando limitaciones al flujo de inóculo. La mayor parte de los huéspedes no mostraban síntomas de enfermedad, lo que indica que las simbiosis no antagónicas son frecuentes. A lo largo de las estaciones las interacciones planta-virus cambian aumentando el especialismo en el uso de huéspedes, lo que se relaciona con cambios en las comunidades de plantas y virus. La coexistencia de distintos virus en comunidades de plantas que cambian en tiempo y espacio promueve la evolución de distintas estrategias de transmisión, que pueden dar lugar a emergencias.