Los cambios fotomorfogénicos abarcan una amplia gama de respuestas, incluida la diferenciación de plastidios no fotosintéticos en cloroplastos, un paso crucial en la transición del crecimiento heterótrofo al autótrofo en las plantas. Este proceso es inducido por la luz, y está basado en la transcripción orquestada de genes nucleares y plastidicos, lo que permite el ensamblaje y la regulación efectiva de la maquinaria fotosintética. En este trabajo, revelamos un nuevo nivel de regulación para este proceso, mostrando la participación de la remodelación de la cromatina en el control nuclear de la expresión génica de plástidos para la función y biogénesis del cloroplasto. Los dos homólogos que existen en Arabidopsis de la proteína EPL1 de levadura, componentes del complejo histona acetiltransferasa NuA4, son esenciales para la transcripción de plastidios y el correcto desarrollo y rendimiento de los cloroplastos. Nuestros datos demuestran que la dinámica de las proteínas EPL1 está regulada por la luz y son necesarias para la expresión concertada de genes nucleares que codifican la mayoría de los componentes de la maquinaria transcripcional del cloroplasto, mediando directamente la deposición de la marca H4K5ac en estos loci, y promoviendo la expresión de los genes de plastidios necesarios para la biogénesis del cloroplasto. Estos datos revelan un mecanismo mediado por NuA4 que regula la biogénesis del cloroplasto, conectando la transcripción de los genomas nucleares y plastidiales durante el desarrollo del cloroplasto.