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Posibles nuevos virus de plantas asociados a muestras de vid infectadas con Plasmopara viticola

En este estudio se realizó un análisis de alrededor de 150 muestras obtenidas de hojas y uvas de vid infectadas con Plasmopara viticola (causante del mildiu de la vid), agrupadas en 16 librerías, para caracterizar el micoviroma asociado a este oomicete. Las muestras se recolectaron durante la estación de cultivo de 2018 en cinco regiones diferentes de Italia y en cuatro regiones distintas de España para tener una representación de muestras de varios cultivares de vid y de zonas con diferentes condiciones climáticas. Debido a la naturaleza metagenómica de las muestras, que contenían hifas y esporas del oomicete, pero también residuos de la planta, en el análisis in silico de los datos se pudieron ensamblar las secuencias del genoma de varios virus de plantas, algunos previamente descritos, y otros que pueden considerarse nuevos virus. Se detectaron variantes de varios virus de vid, y un nuevo ilarvirus que no había sido previamente descrito asociado a este huésped. Además, se caracterizaron tres nuevos virus tipo phenuivirus (del orden Bunyavirales), uno de los cuales mostró características similares a los coguvirus de plantas. Finalmente, se observó una asociación estricta de la presencia de tres segmentos virales (uno tipo flavivirus y dos tipo virgavirus) en las mismas muestras, por lo que se propuso la creación de un nuevo taxón de virus llamado jivivirus.

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FIGURE. Phylogenetic analysis of a selected number of viral proteins closely related to those expressed by jivivirus RNA1 (helicase, methyltransferase virga-like) (a), RNA2 (putative RdRP virga-like) (b) and RNA3 (flavivirus NS3-like) (c). The máximum likelihood (ML) methodology was used to infer the best tree. The best substitution models were WAG+F + I + G4 (for RNA1 expressed proteins) with a log-likelihood of consensus tree: −24,158.092193; Blosum62 + F + I + G4 (for RNA2 expressed protein) with a log-likelihood of the tree: −35,144.3099; VT (for RNA3 expressed protein) with a log likelihood of the tree: −7,608.1139. Red diamonds indicate the viruses assembled in this work. At nodes the percentage bootstrap values

Publicación Original:

Chiapello, M., Rodríguez‐Romero, J., Nerva, L., Forgia, M., Chitarra, W., Ayllón, M.A., Turina, M. 2019. Putative new plant viruses associated with Plasmopara viticola-infected grapevine samples. Annals of Applied Biology. DOI: 10.1111/aab.12563

 

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