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TransFlow: Nueva herramienta para ensamblar transcriptomas de novo en organismos no-modelo

El ensamblado de transcriptomas requiere una automatización adecuada y controles de calidad estrictos. Conseguir ambos objetivos es particularmente difícil cuando se estudian organismos cuyo genoma no se ha secuenciado. En este artículo describimos un nuevo conjunto de herramientas bioinformáticas, denominado TransFlow, para abordar este problema. TransFlow puede considerar hasta 181 estrategias diferentes de ensamblado usando lecturas de Illumina, Roche/454 y otras plataformas de secuenciación NGS (Next Generation Sequencing). Sus capacidades y reproducibilidad se han evaluado con datos transcriptómicos de tallo de castaño, hoja de vid y polen de olivo, así como del hongo fitopatógeno Podosphaera xanthii (haustorios y estructuras epifíticas). TransFlow se adapta automáticamente a las combinaciones disponibles de datos de secuenciación y herramientas de ensamblado, proporcionando el mejor resultado posible para cada uno de los seis casos estudiados. Los procesos subyacentes evalúan y optimizan las lecturas disponibles, los paquetes informáticos (OASES para Illumina; MIRA4 y EULER-SR adaptado a CAP3 para Roche/454) y las estrategias de ensamblado final.

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Publicación Original:

Seoane, P.; Espigares, M.; Carmona, R.; Polonio, Á.; Quintana, J.; Cretazzo, E.; Bota, J.; Pérez-García, A.; Dios Alché, J. de; Gómez, L.; Claros, M.G. 2018. "TransFlow: a modular framework for assembling and assessing accurate de novo transcriptomes in non-model organisms". BMC Bioinformatics 19, 416. DOI: 10.1186/s12859-018-2384-y

 

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